Op 10 augustus 1792, nadat de koninklijke familie hun toevlucht had gezocht in de Wetgevende Vergadering, werd Lodewijk XVI afgezet, hoewel de monarchie niet vóór 21 september werd afgeschaft. Op 13 augustus werd de hele familie opgesloten in de Tempeltoren, overblijfselen van een voormalig middeleeuws fort.
Op 21 januari 1793 werd Lodewijk XVI geëxecuteerd onder de guillotine, waarna de jonge broer van Marie Thérèse, Louis Charles, door de royalisten werd erkend als koning Lodewijk XVII van Frankrijk.
In de avond van 3 juli 1793, bijna zes maanden na de dood van Lodewijk XVI, drongen bewakers het appartement van de koninklijke familie binnen, namen de achtjarige Louis Charles met geweld mee en vertrouwden hem aan de zorg van Antoine Simon, een schoenmaker en tempelcommissaris. Marie Antoinette, Marie Thérèse en Madame Elisabeth, de jongste zus van Lodewijk XVI, verbleven in hun appartementen in de toren.
Een maand later, op 2 augustus, werd Marie Antoinette naar de Conciergerie gebracht, ze werd, onder de hoede van haar tante Elisabeth, achtergelaten. Haar tante werd op 9 mei 1784 weggevoerd en de volgende ochtend geëxecuteerd. Van de koninklijke gevangenen in de Tempel was, de dochter van Marie Antoinette, Marie Thérèse de enige die de Reign of Terror overleefde.
Haar verblijf in de Tempeltoren was er een van eenzaamheid en vaak grote verveling. De twee boeken die ze had, het beroemde gebedenboek met de naam ‘De navolging van Christus’ en ‘reizen‘ van Jean-François de la Harpe, werden keer op keer gelezen, zo erg dat ze er genoeg van kreeg. Maar haar verzoek om meer boeken werd afgewezen door regeringsfunctionarissen, en vele andere verzoeken werden vaak afgewezen, terwijl ze vaak moest luisteren naar het geschreeuw van haar broer wanneer hij werd geslagen.
Op 11 mei, bezocht Robespierre Marie Thérèse, maar er is geen verslag van het gesprek. Tijdens haar gevangenschap is Marie Thérèse nooit verteld wat er met haar familie was gebeurd. Het enige wat ze wist was dat haar vader dood was. De volgende woorden waren op de muur van haar kamer in de toren gekrast:
‘Marie-Thérèse-Charlotte est la plus malheureuse personne du monde. Elle ne peut obtenir de savoir des nouvelles de sa mère, pas me d’être réunie à elle quoiqu’elle l’ait demandé mille fois. Vive ma bonne mère que j’aime bien et don je ne peux savoir des nouvelles. mon père, veillez sur moi du haut du Ciel. Ô mon Dieu, pardonnez à ceux qui ont fait souffrir mes ouders.’
(Vertaald: Marie Thérèse is de meest ongelukkige persoon ter wereld. Ze kan geen nieuws van haar moeder krijgen; noch met haar worden herenigd, hoewel ze het duizend keer heeft gevraagd. Leef, mijn goede moeder! van wie ik veel hou, maar van wie ik geen tijding kan horen. O mijn vader! waak over mij vanuit de hemel daarboven. O mijn God! vergeef degenen die mijn ouders hebben laten lijden)
Eind augustus 1795 kreeg Marie Thérèse eindelijk te horen wat er met haar familie was gebeurd, door haar vrouwelijke metgezel, mevrouw Renée de Chanterenne. Toen ze van elk van hun lot op de hoogte was gebracht, begon de radeloze Marie Thérèse te huilen en liet ze luide snikken van angst en verdriet horen.
Pas toen de Terreur voorbij was, mocht Marie Thérèse Frankrijk verlaten.
Op 18 december 1795, een dag voor haar 17e verjaardag, werd Marie Thérèse bevrijdt, ze werd ingeruild voor vooraanstaande Franse gevangenen ( Pierre Riel de Beurnonville, Jean-Baptiste Drouet, Hugues-Bernard Maret, Armand-Gaston Camus, Nicolas Marie Quinette en Charles-Louis Huguet de Sémonville ) en meegenomen naar Wenen, de hoofdstad van haar neef, de Heilige Roomse keizer Francis II, en ook de geboorteplaats van haar moeder.
Marie Thérèse werd door haar neef, keizer Frans II, opgevangen aan het Weense hof. Vervolgens verhuisde ze naar Koerland (tegenwoordig Letland), waar de oudste broer van haar vader als gast van tsaar Paul I verbleef. Deze oom, die zichzelf tot koning Lodewijk XVIII had uitgeroepen, was kinderloos. Hij wenste dat zij zou huwen met haar neef Lodewijk Anton, hertog van Angoulême die tevens zijn eigen neef was. Lodewijk Anton zou aanspraak kunnen maken op de Franse troon. Marie Thérèse stemde toe in het huwelijk, blij om weer bij een familie te behoren.
#/media/Fichier:The_Tuilleries,_20th_June_1792.jpg){kind=link}