De arts die de sectie op het lichaam van de in de Temple gestorven jongen uitvoerde, heeft het hart naar buiten gesmokkeld. Dit hart is in gemummificeerde toestand bewaard gebleven. In 2004 werd DNA uit dit hart vergeleken met DNA uit haarlokken van de dochters van keizerin Maria Theresia, die de grootmoeder aan moederszijde van de dauphin was. Daaruit bleek dat dit werkelijk het hart van Lodewijk XVII was. Het hart werd op 8 juni 2004 bijgezet in het familiegraf in de kathedraal van Saint-Denis.
De Groningse wetenschapper Johan Hendrik Petrie promoveerde op 15 juli 1995 aan de Rijksuniversiteit in Groningen op een proefschrift met de titel Lodewijk XVII-Naundorff, een mysterie ontrafeld waarin hij concludeerde dat Naundorff een bedrieger was. Deze conclusie werd in 1998 bevestigd door DNA-onderzoek, uitgevoerd door professor Jean-Jacques Cassiman van de KU Leuven. Maar het feit dat Naundorffs mitochondriaal DNA niet overeenkomt met dat van de eveneens in vrouwelijke lijn van Maria Theresia van Oostenrijk afstammende koningin van Roemenië wordt door de afstammelingen van Naundorff niet geaccepteerd. De huidige pretendenten, “hertogen van Normandië”, wonen in Canada.
